Não há deficiência óbvia de minerais na maioria dos pacientes com DII. Entretanto, a deficiência de ferro é muito comum em pessoas com Retocolite Ulcerativa e Doença de Crohn, e menos comum em pessoas com doenças do Intestino Delgado. Tal deficiência resulta da perda de sangue que se segue à inflamação e ulceração do Cólon.
Os níveis de ferro no sangue são facilmente medidos, e se a deficiência é detectada, a ingestão de ferro em forma de comprimidos ou solução oral pode ser recomendável. A dose mais comum é de 300 mg, tomada de uma a três vezes por dia, dependendo da gravidade da deficiência e da tolerância do paciente.
A ingestão de ferro via oral pode tornar o material fecal escuro, e criar a falsa ideia de sangramento intestinal.